帝丹高中二年級學生工藤新一因目睹謎一樣的組織的恐嚇現場，被黑衣男子灌下了組織新開發的毒藥，結果身體竟然變小了。為了隱藏真實身份，新一化名為「江戶川柯南」，住進了女朋友毛利蘭的家——毛利偵探事務所。江戶川柯南私底下幫助毛利小五郎破案，並開始追蹤神秘黑衣組織的行蹤。

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