遠古之神"大蛇"企圖滅世,因而產生了兩位救世巫女。兩位巫女經歷不停地輪迴轉世,相遇後以兩人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、卻為"日之巫女「轉世的來棲川姬子以及"月之巫女"的轉世姬宮千歌音,為了再次封印大蛇,不得不想辦法召喚傳說中的劍神"天之叢雲"。大蛇的八個僕人們(人性的八個黑暗面)為阻止兩人召喚天之叢雲,而屢次對她們發動襲擊;這時,原本應該是"大蛇"之一、排名順序七的大神相馬因為暗戀姬子已久,而背叛了大蛇的意志,屢次地拯救她們,但卻又引發了另一場風波。不停輪迴的兩人,無法分離的命運,這是身為「神無月之巫女」的命運
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